Kompetenzen

Die Probleme, die ich gut kann.

Als Probleme formuliert statt als Methoden — an Methoden mangelt es niemandem. Jeder Eintrag beschreibt eine Ausgangslage, in der ich gearbeitet habe, mein Vorgehen und das, was dabei herauskommt.

Derselbe Werkzeugkasten kommt in zwei Umfeldern zum Einsatz: in Produkt- und Plattformarbeit im Health-Tech-Bereich und bei Forschungsfragen in Laboren und Kliniken. Die Probleme unterscheiden sich stärker als die Methoden.

Umfeld eins

Health-Tech und Produktarbeit

Daten, eine Hypothese und eine Frist. Was meist fehlt, ist jemand, der klärt, ob das Signal echt ist, bevor darauf ein Produkt gebaut wird.

Problem 01

Sie haben eine Kohorte und wissen nicht, wo das Signal steckt

Tausende Analyten, hunderttausende Zeilen, ein Dutzend plausibler Endpunkte — und eine Auswertung, die immer wieder Befunde liefert, die im nächsten Datensatz verschwinden.

Vorgehen
Zuerst Phänotyp- und Endpunktdefinitionen festzurren. Dann ein Screening über alle Analyten mit sauberer Kontrolle des multiplen Testens, nichtlineare Dosis-Wirkungs-Modellierung statt unterstellter Linearität, und Bestätigung über Zeit-bis-Ereignis-Modelle und Interpretation auf Signalweg-Ebene.
Ergebnis
Ein priorisiertes, FDR-kontrolliertes Biomarker-Panel mit Effektstärken und Konfidenzintervallen, der biologischen Einordnung dazu — und einer ehrlichen Darstellung dessen, was die Kohorte nicht hergibt.

Problem 02

Ihr Modell glänzt im Paper und versagt in der Klinik

Hohe AUC auf dem Entwicklungsdatensatz, enttäuschende Leistung überall sonst. Meistens ist es Leakage, Verteilungsverschiebung — oder ein Modell, das gut sortiert, dessen Wahrscheinlichkeiten aber nichts bedeuten.

Vorgehen
Ein strukturiertes Audit: Datenfluss-Prüfung auf Leakage, Integrität der Splits auf Personenebene, Rekalibrierung, externe oder zeitliche Validierung, Leistung in Subgruppen und Decision-Curve-Analyse an den Schwellen, die Sie tatsächlich verwenden.
Ergebnis
Ein Validierungsbericht, der die konkreten Fehlerquellen benennt, ein rekalibriertes Modell, wo Rekalibrierung genügt, und eine klare Aussage darüber, für welche Population das Modell zulässig ist.

Problem 03

Sie müssen wissen, ob sich die Studie überhaupt lohnt

Eine teure Studie, ein kostspieliger Assay oder eine neue Messung — und keine Möglichkeit, vorab zu wissen, welcher Arm, welcher Endpunkt oder welches Messschema überhaupt eine Chance hat, etwas zu zeigen.

Vorgehen
Ein mechanistisches Modell des Prozesses bauen, eine virtuelle Kohorte erzeugen und die Studie in silico unter realistischem Rauschen und Dropout durchspielen. Das Design variieren und sehen, welche Varianten den Effekt tatsächlich auflösen können.
Ergebnis
Eine simulationsgestützte Designempfehlung — Fallzahl, Zeitpunkte, welche Messung die Information trägt und welche geplanten Messungen ihren Preis nicht wert sind.

Problem 04

Sie haben Bildgebung und Endpunkte, aber keine Pipeline

MRT, Histologie oder Mikroskopie in einem Ordner, eine Ergebnisspalte — und eine Kohorte, die für den Deep-Learning-Ansatz, den alle vorschlagen, viel zu klein ist.

Vorgehen
Reproduzierbare Segmentierung und quantitative Merkmalsextraktion, eine Merkmalsauswahl, die unter Resampling stabil bleibt, und Modelle, die zur vorhandenen Kohorte passen statt zur gewünschten.
Ergebnis
Eine lauffähige Pipeline vom Bild zur Vorhersage, der stabile Merkmalssatz und eine Validierung, die dem Kleine-n-Regime standhält.

Problem 05

Ihre Auswertung lässt sich nicht wiederholen

Die Ergebnisse existieren, die Person, die sie erzeugt hat, ist weitergezogen, und niemand bekommt die Abbildung reproduziert — was genau dann dringend wird, wenn eine Behörde, ein Gutachter oder ein Investor fragt.

Vorgehen
Die Auswertung als versionierte Pipeline mit festgeschriebener Umgebung neu aufbauen, mit nachvollziehbarer Herkunft vom Rohauszug bis zur fertigen Abbildung, dokumentierten Entscheidungen und Tests an den Stellen, die zählen.
Ergebnis
Eine Pipeline, die jede Person im Team erneut ausführen kann und die dieselben Zahlen liefert — samt Dokumentation jeder Entscheidung, die die ursprüngliche Auswertung stillschweigend getroffen hat.

Problem 06

Ihre Daten sind da, aber in keiner auswertbaren Form

Eine Biobank, ein Register oder eine Kohorte, deren Daten nie mit Blick auf die Auswertung erhoben wurden — jede neue Frage beginnt damit, die Daten von Hand zusammenzutragen.

Vorgehen
Ein Datenmodell entwerfen, das zur tatsächlichen Erhebung passt, den Weg der Digitalisierung bauen und die Auswertung hinter eine Anwendung legen, die das Team selbst bedient. Genau das habe ich für die hauseigene Biobank der Perakakis-Gruppe umgesetzt.
Ergebnis
Ein strukturierter Datenbestand und die Software, die ihn pflegt — dazu Auswertungen, die das Team direkt ausführen kann, statt sie jedes Mal neu von Hand zu bauen.

Problem 07

Sie wollen LLMs nutzen, ohne ihre Schwächen zu erben

Alle wollen KI im Produkt. Niemand will eine selbstbewusste, flüssig formulierte, falsche Antwort an einer klinischen oder wissenschaftlichen Aussage hängen haben.

Vorgehen
Die Aufgabe auf etwas Prüfbares zuschneiden, sie in Retrieval über Quellen verankern, die Sie kontrollieren, die Ausgabe so strukturieren, dass sie automatisch validierbar ist, und vor dem Ausliefern ein Evaluationsset aufbauen. Anbieterübergreifendes Routing, damit der Ausfall oder die Preisänderung eines Anbieters nicht Ihr Ausfall wird.
Ergebnis
Eine funktionierende Pipeline mit Evaluations-Harness — gemessene Genauigkeit auf Ihrer eigenen Aufgabe, zitierte Quellen und eine klare Grenze dessen, was das System behaupten darf.

Umfeld zwei

Forschungs- und klinische Fragestellungen

Die Biologie, die Patientinnen und Patienten und die Frage sind bereits da. Was fehlt, ist der Schritt zu etwas, das ein Modell beantworten kann — und das Durchhalten bis zu den Gutachten.

Frage 01

„Wir haben einen Mechanismus, aber keine Möglichkeit, ihn zu prüfen“

Eine Hypothese darüber, wie Zellen, Tumoren oder Immunpopulationen zusammenwirken, die sich experimentell auf der relevanten Skala nicht direkt beobachten lässt.

Was ich tue
Den Mechanismus als agentenbasiertes, hybrides oder Reaktions-Diffusions-Modell formalisieren, an den vorhandenen Daten kalibrieren und die beobachtbaren Konsequenzen bestimmen, die Ihre Hypothese von den konkurrierenden unterscheiden.
Ergebnis
Ein Modell, das sich befragen lässt, eine Reihe prüfbarer Vorhersagen — und meist eine Abbildung, die das Paper neu rahmt.

Frage 02

„Wir haben Omics-Daten und eine Lücke in der Statistik“

Proteomische, metabolomische oder transkriptomische Daten neben klinischen Variablen — und ein Analyseplan, der bei „und dann machen wir maschinelles Lernen“ endet.

Was ich tue
Integration über Omics- und klinische Ebenen hinweg, quer- und längsschnittlich; Umgang mit Batch-Effekten und Kovariaten; eine Strategie für das multiple Testen; und eine Interpretation, die auf Signalweg-Ebene landet statt bei einer Liste von Accession-Nummern.
Ergebnis
Auswertung, Abbildungen und ein Methodenteil, der das Review übersteht — samt Code, damit die Revision nicht bei null anfängt.

Frage 03

„Ist diese Studie gut genug geplant, um sie durchzuführen?“

Die Antragsfrist rückt näher, die Endpunkte stehen nicht fest, und die Fallzahlplanung glaubt niemand so recht.

Was ich tue
Endpunkt- und Phänotypdefinition, realistische Fallzahlplanung per Simulation statt per Formel, Gestaltung des Messschemas und ein Analyseplan, der geschrieben wird, bevor die Daten existieren.
Ergebnis
Ein präspezifizierter Analyseplan und ein belastbarer Designabschnitt — genau die Teile, die Gutachtende zuerst angreifen.

Frage 04

„Wir brauchen Modellierung im Antrag — und jemanden, der sie umsetzt“

Ein Verbundantrag, der ein glaubwürdiges rechnergestütztes Arbeitspaket braucht, geschrieben von jemandem, der es anschließend auch liefert.

Was ich tue
Das Arbeitspaket zu Modellierung und Datenanalyse entwerfen, es auf etwas Lieferbares zuschneiden und im Verbund mitarbeiten, um es umzusetzen. Auf der Modellierungsseite betreue ich auch Promovierende mit.
Ergebnis
Ein Arbeitspaket, das machbar klingt, weil es machbar ist — mit einer namentlich benannten Person dahinter.

Was ich nicht tun werde: Ihnen eine Zahl geben, an die ich nicht glaube. Wenn die Daten die Frage nicht beantworten können, ist genau dieser Befund das Wertvollste, was ich liefern kann — früh und schriftlich.

Wie ich dabei mit Menschen zusammenarbeite →

Kontakt

Sie haben Daten und eine Frage, die beantwortet werden muss?

Ich arbeite mit Forschungsgruppen, Kliniken, Health-Tech-Teams und Bioinformatik-Teams an der Schnittstelle von Biologie, Datenwissenschaft und personalisierter Medizin — von einer einstündigen Einschätzung eines Studiendesigns bis zur vollständigen Modellierungskooperation.

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